私の場合、RSSのリーダーはライブドアリーダー使ってます。iPhoneでそういやこれを使えれば便利だなと思いググるとfavShareというのが見つかりました。
livedoor Readerを読み込めて、お気に入りのエントリははてなブックマークやInstapaperに登録出来れば、良い。という事で。
インストールしてライブドアのIDを設定した後は

はてなブックマークとInstapaper

をLinkに設定します。
一度読んでそのサイトのRSS最後まで読んでから既読にするかどうかも選択出来るし、扱いやすいかな。スワイプとかで次のエントリに行ければなお良いが。
関連
favShare 1.2.1(無料)
Category: ニュース
Price: macotoi - MAKOTO IKEDA
★後で読みたいウェブを保存して後で読む「Instapaper(インスタペーパー)」(2011年10月05日 (水曜日))
★Google リーダーが2013年7月1日でサービス終了。だが最初からlivedoor Reader使ってた私に隙はなかった。(2013年03月14日 (木曜日))